SMA Muhammadiyah Mlati mempunyai beberapa potensi diri sekolah yang masih bisa dikembangkan. Seluruh komponen sekolah (guru, karyawan, dan siswa) memiliki komitmen dan tanggung jawab terhadap sekolah dengan etos kerja yang tinggi serta berorientasi pada semangat kebersamaan. Seluruh komponen sekolah (guru, karyawan, dan siswa) memiliki komitmen dan tanggung jawab terhadap sekolah dengan etos kerja yang tinggi serta berorientasi pada semangat kebersamaan.
Seluruh komponen sekolah (guru, karyawan, dan siswa) memiliki komitmen dan tanggung jawab terhadap sekolah dengan etos kerja yang tinggi serta berorientasi pada semangat kebersamaan, selain itu tenaga pendidik di SMA muhammadiyah Mlati mengajar sesuai dengan kualifikasi pendidikan yang ditempuh. Lingkungan belajar yang relatif kondusif, tenang, aman, dan lingkungan yang sehat, sehingga memungkinkan siswa bisa belajar dengan fokus dan nyaman.
Dukungan yang cukup kuat dari persyarikatan, pemerintah, masyarakat, orangtua dan komite sekolah terhadap kemajuan sekolah. Siswa sebagian besar berasal dari pondok yang sudah bekerjasama dengan sekolah, yang memiliki berbagai potensi diri sehingga mulai muncul beberapa prestasi yang telah diperoleh siswa, baik prestasi akademik maupun prestasi non akademik selain itu Lokasi sekolah dekat obyek pariwisata dan dekat dengan pusat sarana transportasi yaitu Terminal Jombor sehingga dapat diakses dari jalur manapun.
Adapun tantangan yang harus dihadapi oleh sekolah, diantaranya adalah masalah dana sekolah, yaitu agar program yang telah direncanakan dapat terlaksana dengan baik diperlukan dana untuk melaksanakan program tersebut, salah satu solusi yang dilaksanakan sekolah adalah dengan mengadakan program gerakan orang tua asuh.
Meningkatkan kualitas sumber daya manusia (guru dan karyawan). Dengan cara memberikan pembinaan dan mengikutsertakan dalam kegiatan MGMP, serta memberikan pemahaman yang cukup akan pentingnya penerapan KTSP bagi semua guru mata pelajaran. Serta mencukupi fasilitas sarana dan prasarana yang memadai.